En un futuro donde la humanidad ha huido al espacio tras la destrucción de la Tierra, la nave Sidonia se convierte en el último bastión contra los Gauna, una misteriosa raza alienígena. Nagate Tanikaze, un joven criado en los niveles más bajos de la nave, demuestra un talento excepcional como piloto y es lanzado al frente de batalla. Mientras lucha por defender a la humanidad, descubre los secretos ocultos tras Sidonia y el verdadero alcance de la amenaza.
