Tras los acontecimientos de la cuarta película, la serie se centra en Keisuke Amano, el hermano de Natsume, que no cree en los fenómenos sobrenaturales. Pero como se da cuenta de que su hermana vuelve tarde a casa con frecuencia, decide seguirla, sólo para descubrir que exorciza Yo-kai malvados y dirige una agencia de detectives Yo-kai. Al descubrirle su secreto, Natsume decide dejarle acompañarla en sus actividades mientras investigan crímenes Yo-kai y se enfrentan a Yo-kai malvados para mantener la paz en toda la ciudad.
